Elektronická evidence tržeb se vztahuje také na platby kartou v e-shopech. Problémy nastávají v případě, že si zákazník objedná více položek zboží, zaplatí kartou a do čtrnácti dnů pouze některé zakoupené zboží vrátí. Obdobné je to i v případě, že zákazník chce zboží vyměnit za zboží s jinou cenou.
Je samozřejmé, že e-shopy musí mít terminály na všech výdejních místech. Složitá situace nastává zejména při nákupu oblečení, pokud si zákazník objedná několik druhů zboží, zaplatí kartou s tím, že si zboží osobně vyzvedne na některém výdejním místě. Jestliže při odběru zboží zákazník zjistí, že mu objednané zboží nevyhovuje a chce jej vyměnit za zboží za jinou cenu, nastává pro prodávajícího problém. Obsluha na výdejním místě, která má zákazníkům radit s výběrem zboží, musí složitě a po celkem dlouhý čas měnit již zaevidovanou tržbu. Tomu samozřejmě předchází důkladné školení prodávajících pro obsluhu terminálu a zvládání veškerých situací při výměnách a vracení zboží a správného zaevidování tržeb. Majiteli e-shopu nezbývá nic jiného, než důkladně proškolit veškerý personál na obsluhu terminálů pro elektronickou evidenci tržeb a seznámit prodávající s veškerými situacemi, které mohou nastat. Takováto školení jsou pro majitele další náklady spojené s EET.
Majitel e-shopu je navíc zodpovědný za správnou evidenci tržeb.