Přestože podle zákona o EET podnikatel účtenky archivovat nemusí, v případě, že jsou tyto údaje používány jako doklad pro účetnictví, archivace je povinná.
V dnešní době je díky dokonalosti elektroniky možné data rychle sehnat, ale také rychle ztratit. Data je proto nutné chránit jak před zneužitím, tak před ztrátou.
Na ochranu a zálohování dat z EET by měl každý podnikatel myslet už při výběru pokladního systému. Nejvhodnější je mít data zálohována zcela mimo pokladní systém (v cloudu). Takto uložená data jsou chráněna jak před hackery, tak v případě poruchy či odcizení pokladního zřízení.
Důležitým kritériem je také četnost synchronizace pokladního systému s uložištěm. Ideální je, pokud je každá provedená transakce okamžitě uložena a k sehrávání nedochází např. pouze jedenkrát denně.
Výběr pokladního systému na elektronickou evidenci tržeb by se neměl řídit pouze cenou, ale každý podnikatel by se měl zamyslet, jaký pokladní systém je pro něj nejvhodnější a který minimalizuje veškerá případná rizika.