Kontrolu dodržování zákonů o elektronické evidenci tržeb provádí Finanční správa ČR a Celní správa ČR. Nejčastěji jsou kontroly realizovány pomocí kontrolního nákupu.
Jestliže kontrolní orgány zjistí pochybení a dojde k udělení sankce, je tato sankce udělena vždy provozovateli nebo majiteli kontrolovaného zařízení. Ten ji může následně vymáhat po svém zaměstnanci na základě příslušného ustanovení v pracovní smlouvě nebo ve vnitrofiremním předpisu.
Jestliže zaměstnanec poruší zákony EET ať už úmyslně nebo neúmyslně, nejedná se v tomto případě o hmotnou odpovědnost. Jedná se o určitý druh ochrany zaměstnavatele před úmyslným poškozením od zaměstnance. Náhradu škody může zaměstnavatel vymáhat až do 4,5 násobku průměrné mzdy zaměstnance.
Součástí vnitřních směrnic firmy by měla být také povinnost zaměstnanců upozornit zaměstnavatele na nevydávání účtenek, pokud tuto skutečnost zjistí u jiného kolegy – zaměstnance.
Mezi další opatření, která pomohou omezit rizika sankcí a pochybení při plnění povinností EET, by mělo patřit několik základních úkonů.
Jedná se o pravidelné školení zaměstnanců ohledně povinnosti plnění zákona o EET včetně podepsání účasti každého zaměstnance na tomto školení. Dalším doporučením je pravidelná kontrola správnosti nastavení pokladny a průběžné kontroly účtenek, zda obsahují veškeré zákonné údaje. Zaměstnavatelé by měli také kontrolovat své zaměstnance, zda vydávají zákazníkům účtenky.
Další nutností je zveřejnit informační oznámení o povinnosti EET v místě, kde se obvykle účtují evidované tržby.