Finanční správa hodnotí kontrolory EET podle počtu odhalených prohřešků. Vedení finanční správy tento postup obhajuje tím, že chce maximálně zefektivnit prováděné kontroly. Podíl kontrol, při kterých kontrolující úředníci zjistili pochybení při elektronické evidenci tržeb, roste. Zatímco v květnu podíl kontrol, při kterých kontroloři zjistili pochybení, se pohyboval okolo 13 procent, v současné době se již blíží k 20 procentům.
O tom, která provozovna má být zkontrolována na evidenci tržeb, rozhoduje až v 70 % Generální finanční ředitelství. Kontrolní činnost tak není prováděna naslepo, ale vychází z analytických dat. Zbylé kontroly vychází z požadavků krajských pracovišť finanční správy.
Na základě provedených kontrol a zjištěných pochybení bylo doposud uloženo více než 3800 sankcí v celkové výši cca 35 600 000 korun. Prozatím nejvyšší pokuta byla udělena v Pardubickém kraji ve výši 260 000 Kč. Jednalo se o opakované porušování zákona o elektronické evidenci tržeb, který ve více svých provozovnách nevydával účtenky a neodesílal požadované údaje do systému EET.