Kontroly provozoven, na které se vztahuje povinnost elektronicky evidovat tržby, provádí pracovníci Finanční správy ČR a pracovníci Celní správy ČR.
V současné době kontroly probíhají formou kontrolních nákupů. Všichni kontroloři se řídí závazným pravidlem, kterým je při kontrole EET nezpůsobit podnikateli zbytečnou škodu.
Při kontrolním nákupu si kontrolor ověří, zda podnikatel plní veškeré povinnosti spojené s elektronickou evidencí tržeb. Při kontrole si úředníci ověřují, zda byla vystavena účtenka, zda byly údaje o tržbě odeslány správci daně, zda účtenka obsahuje veškeré předepsané údaje a že údaje o evidované tržbě odpovídají skutečnosti. Kontrolor si zároveň ověří, že podnikatel splnil informační povinnost.
V případě kontrolního nákupu zboží, které lze vrátit, kontrolor po ověření všech náležitostí odstoupí od smlouvy a zboží vrátí.
Při kontrole nesmí kontrolující úředník pořizovat bez vědomí podnikatele žádné videozáznamy či audiozáznamy.