Datová bezpečnost je jednou z předních starostí každého podnikatele. Data je nutno chránit před jejich ztrátou a před zneužitím. To samozřejmě platí i pro data z pokladen na elektronickou evidenci tržeb.
Provozovatel EET pokladny nese plnou odpovědnost za to, že data odesílaná z pokladny do systému EET jsou validní, jsou chráněna před bezpečnostními hrozbami a pře zneužitím a že jsou úplná. Je to obdobné jako u platebních karet, kde si každý musí chránit svůj PIN a platební kartu by měl používat s určitou opatrností. Stejně jako u platebních karet by měl podnikatel u EET pokladny kontrolovat proběhlé transakce a sledovat, že se mezi nimi neobjevila nějaká podezřelá či podvodná.
Odpovědnost za data z EET a jejich bezpečnost není pro podnikatele ničím výjimečným. Obdobně funguje elektronické bankovnictví, komunikace s Finanční správou ohledně daňových přiznání, souhrnných hlášení apod. Každý, kdo shromažďuje a posílá elektronicky data, by měl dodržovat určitá pravidla, aby nedošlo k jejich zneužití či znehodnocení.
Na ochranu dat z EET by měl podnikatel myslet už ve chvíli, kdy si vybírá pokladní systém. Jednou z podmínek by určitě mělo být samotné zabezpečení pokladny a archivace včetně zabezpečení dat.