Řada podnikatelů se při výběru pokladního systému na elektronickou evidenci tržeb příliš nezajímá o zabezpečení dat, aby nemohla být zneužita.
S EET souvisí přenos velkých objemů dat, které by při špatném zabezpečení bylo možné zneužít. Většina hospodských a hoteliérů řešila problém, z čeho a jak budou účtenky na ministerstvo odesílat a jak vše zajistit, aby je tyto úkony příliš nezdržovaly. Každý provozovatel elektronické pokladny navíc odpovídá za ochranu dat vkládaných do systému před jejich zneužitím.
Živnostníci si musí ohlídat zejména bezpečné vkládání dat a jejich odeslání na finanční úřad. Ministerstvo financí nese plnou odpovědnost za to, že veškerá data vložená do systému budou zpracována a vyhodnocena správně a že nedojde k jejich zneužití přímo na ministerstvu ani z vnějšku.
Pokud chce mít provozovatel elektronické pokladny jistotu, že jeho data budou bezpečně archivována (ze zákona je povinnost archivace dat po dobu 10 let) a zabezpečena, měl by volit pokladnu s ukládáním dat na serveru v datovém uložišti. Veškerá data se zde bezpečně ukládají, jsou šifrována a chráněna heslem podnikatele. Nikdo jiný mimo samotného podnikatele k nim nemá přístup. Majitel pokladny k těmto datům má přístup kdykoliv a odkudkoliv pomocí webového prohlížeče.
Pokladní systémy miniPOS veškeré tyto služby nabízejí. Každý, kdo se rozhodne pro nákup Chytré pokladny miniPOS minimalizuje riziko ztráty a zneužití svých dat.